Велик и могуч русский язык.
Согласно словарю Фасмера [копипастю]:
«похерить «перечеркнуть, загубить, выключить».
Первонач. семинаристское выражение от названия
буквы х «хер», сокращение от херувим (см.).
Ср.: владыка решение консистории
синим хером перечеркнули (Лесков, Соборяне),
также захерить «зачеркнуть крест-накрест»…»
Народная лингвистическая практика опошлила термин.
Так что немецкий Herr – это не от органа, а от Херувима.
И получается, что русское «пошел/иди на хер» исторически
невинно и, по сути, обозначает: «Не знаю, иди к начальству».