С церковными заповедями, даже если говорить только о "не убий" не все так просто. По английски (и, насколько я понимаю, это ближе к оригиналу) "You shall not murder", не "You shall not kill". Это, как говорится, две большие разницы. То есть убивать плохих можно (и нужно). Например, тех кто молится не тому кому надо - убили же три тысячи человек,поклонявшихся золотому тельцу,и все нормально.
Да и крестоносцы почти никогда не нарушали эту заповедь (ну только иногда), хотя народу положили много.
А кто плохие - это можно толковать по-разному. Вон сколько русских считает, что украинцы ущербные и без них было бы куда лучше (а раньше это считали про евреев, цыган, русских ...) и с точки зрения считающих в уничтожении этих ущербных не было ничего плохого.